W 1901 roku odbyła się w Oświęcimiu pierwsza kapituła generalna Zgromadzenia Serafitek, która na przełożoną generalną wybrała ponownie matkę Małgorzatę. Kierowała ona serafitkami do 1904 r., kiedy ze względu na stan zdrowia i podeszły wiek złożyła rezygnację i wyjechała do Nieszawy. Tam w 1905 r. zmarła i została pochowana.

Po 31 latach jej ciało zostało przeniesione do Oświęcimia, początkowo do kaplicy cmentarza parafialnego, a w 1951 r. do przedsionka w kościele klasztornym sióstr serafitek. Tu złożono je w sarkofagu z białego marmuru, przy którym za jej wstawiennictwem modliły się siostry i mieszkańcy miasta.

W drodze na ołtarze

Szczątki matki Małgorzaty Szewczyk ekshumowano jeszcze raz w lutym 2013 r.. Po Eucharystii przeniesiono je do specjalnego pomieszczenia, by komisja kościelna wraz z zespołem lekarzy mogła dokonać rozpoznania doczesnych szczątków przyszłej błogosławionej. Wydzielono też kości, które umieszczone zostaną w relikwiarzach.

Ze względu na powszechny kult 9 listopada 1993 r. kard. Franciszek Macharski otworzył proces kanonizacyjny Sługi Bożej Małgorzaty Łucji Szewczyk. Zebrano zeznania świadków oraz niezbędną dokumentację. Przestudiowano także zachowane pisma. Proces zamknięty został 15 czerwca 1996 r. Przeprowadzony także został proces odnośnie cudu za przyczyną matki Małgorzaty. Obydwa procesy zostały uznane za ważne, a 20 grudnia 2012 r. papież Benedykt XVI ogłosił dekret potwierdzający prawdziwość cudu za jej przyczyną.

Beatyfikacja Służebnicy Bożej Matki Małgorzaty Łucji Szewczyk, nazywanej matką ubogich i sierot, odbędzie się w niedzielę 9 czerwca 2013 r. w Krakowie-Łagiewnikach – początek uroczystej Eucharystii o godz. 10.00.