Od 1986 roku pracował jako wykładowca Papieskiej Akademii Teologicznej w Krakowie, późniejszego Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II. Na tej uczelni ks. prof. dr hab. Roman Pindel kierował Katedrą Hermeneutyki Biblijnej i Judaistyki. Jest autorem 20 książek i ponad 70 artykułów naukowych z zakresu biblistyki oraz licznych publikacji popularnonaukowych, a także różnych sesji formacyjnych. - Ks. prof. Roman Pindel przez dotychczasowe lata pracy na naszej uczelni dał się poznać jako wybitny biblista, zawsze bardzo dobrze przygotowany do zajęć, potrafiący nie tylko doskonale przekazać wiedzę, ale i umiłowanie słowa Bożego - przypominał tuż po nominacji biskupiej ks. prof. dr hab. Wojciech Misztal, prorektor UPJPII.

Jako biblista ks. prof. Pindel powtarzał często: - Kto czyta Pismo Święte, daje Bogu możliwość przemówienia do siebie codziennie, w sposób żywy, skuteczny i bezpośredni. Takiej mocy, trafności, ani skuteczności nie ma żadne ludzkie słowo, nawet najbardziej świętego człowieka. Jest to też najzdrowszy pokarm, jakim możemy żywić naszą wiarę, umacniać naszą nadzieję i karmić miłość...

Równolegle od 2004 r. pracę biblisty łączył w obowiązkami ojca duchownego w Wyższym Seminarium Duchownym w Krakowie, zajmując się formacją duchową przyszłych kapłanów. Od 2011 r. jako rektor kierował funkcjonowaniem WSD, w którym formują się alumni archidiecezji krakowskiej i diecezji bielsko-żywieckiej. Pełnił też funkcję przewodniczącego Konferencji Rektorów Seminariów Duchownych diecezjalnych i zakonnych w Polsce.

W archidiecezji krakowskiej pełnił też funkcję duszpasterza i koordynatora grup Odnowy w Duchu Świętym oraz delegata biskupa do spraw nowych ruchów religijnych.

Papież Franciszek 16 listopada 2013 roku mianował ks. prałata Romana Pindla biskupem diecezji bielsko-żywieckiej - drugim po biskupie Tadeuszu Rakoczym ordynariuszem diecezji bielsko-żywieckiej.