Był mężem modlitwy, która stanowiła fundament jego działania.
Apostoł zgody
Swój program duszpasterski zawarł w słowach: Oddanie całopalne za sprawę Kościoła świętego. Przyczynił się do podniesienia poziomu nauczania religijnego, zwłaszcza katechizacji. Założył Arcybractwo Nauki Chrześcijańskiej oraz Arcybractwo Najświętszego Sakramentu. Pod jego patronatem powstały we Lwowie czasopisma: "Gazeta Kościelna", Miesięcznik Katechetyczny i Wychowawczy" i "Przegląd Teologiczny".
Duszpasterzowanie arcybiskupa Bilczewskiego we Lwowie przypadło na burzliwe i trudne czasy zaborów i wojen. Od początku zdawał sobie doskonale sprawę ze skomplikowanej i delikatnej natury stosunków narodowych i wyznaniowych na terenie swej diecezji, słusznie określanej w tamtym czasie jako tygiel narodów. Polacy stanowili tylko 12 procent ludności, żyjąc obok Ukraińców, Żydów, Niemców i Czechów. Katolicyzm wyznawało 25 procent mieszkańców, a około 62 procent deklarowało się jako grekokatolicy. Prawie co trzeci mieszkaniec stolicy metropolii - Lwowa - był Żydem.
Łatwo wyobrazić sobie, jak wiele problemów musiało pojawiać się na drodze metropolity Bilczewskiego, który przecież dopiero jako arcybiskup poznawał lokalną specyfikę. Umiał on jednak tak dobrze wczuć się w sytuację, by mimo utrudnień zawsze nawiązać współpracę i zachęcić do niej wiele innych osób.
Dla Boga i bliźnich
Często wypowiadał się na temat sytuacji robotników w listach pasterskich i kazaniach. Konsekwentnie domagał się rozwiązywania problemów socjalnych w duchu Ewangelii. „W sprawie społecznej”, „O pracy”, „O miłości ojczyzny” - to tylko niektóre pisma, w których odpowiada on na wyzwania nowej sytuacji społeczno-ekonomicznej. Apelował w listach o uznanie praw ludzi pracujących do sprawiedliwej zapłaty, wypoczynku, ubezpieczenia, zrzeszania się w związkach zawodowych.
Troskę o byt wiernych łączył z intensywną pracą nad rozwijaniem religijności. Często występował w obronie zagrożonych wartości małżeństwa chrześcijańskiego i rodziny, potępiał rozwody i śluby cywilne. W swoim pasterskim programie abp Bilczewski zakładał też m.in. podniesienie liczby kapłanów i stopnia ich wykształcenia. Poszerzone zostało lwowskie seminarium duchowne, wielu księży ukończyło studia za granicą. Dawał im przykład zaangażowania społecznego, starając się o rozwój oświaty katolickiej i narodowej, zakładając szkoły, czytelnie, biblioteki, ochronki, mobilizując też do tworzenia kółek rolniczych, kas zapomogowo-pożyczkowych. Do metropolii lwowskiej sprowadził nowe zakony zajmujące się pracą charytatywną i oświatową.
Powołał specjalny zespół czuwający nad budową kościołów i kaplic. Wspierał te dzieła także materialnie, przyczyniając się do wzniesienia 328 nowych świątyń, m.in. lwowskiego kościoła pw. św. Elżbiety oraz Domu Katolickiego. To tutaj w późniejszych czasach wojennych walk i okupacyjnych prześladowań szukali oparcia Polacy.