Tutejsi mieszkańcy mają kilka kilometrów do kościoła parafialnego. Zamysł budowy własnego miejsca kultu zrodził się przy okazji obchodów Roku Jubileuszowego 2000. Tuż po ich zakończeniu na terenie podarowanym dla Kościoła przez miejscowe rodziny stanął krzyż. Przez kilka lat zbierano fundusze na budowę i gromadzono materiały. W 2005 roku ruszyły wstępne prace budowlane. Rok później odbyła się uroczystość wmurowania kamienia węgielnego, pochodzącego z grobów św. Piotra i ówczesnego miejsca spoczynku Jana Pawła II w Watykanie. Jeszcze przed konsekracją, za zgodą ordynariusza bielsko-żywieckiego rozpoczęto sprawowanie liturgii w Iłownickim kościele.

W maju 2011 roku kard. Kazimierz Nycz, goszczący tutaj na zaproszenie ks. proboszcza Jana Gustyna poświęcił obraz Jana Pawła II w głównym ołtarzu. Kard. Stanisław Dziwisz podarował dla kościoła relikwię kropli krwi błogosławionego patrona. 29 czerwca trzy lata temu poprzez namaszczenie ścian i ołtarza bp Tadeusz Rakoczy dokonał obrzędu konsekracji świątyni. Podczas uroczystości ks. biskup zachęcał iłowniczan, by nie zmarnowali bogactwa łaski, bogactwa osobowości i nauczania błogosławionego patrona.

Kościół iłownicki jest pierwszą i - jak dotąd - jedyną na Podbeskidziu świątynią dedykowaną bł. Janowi Pawłowi II. Jest też siódmym z kolei kościołem w Polsce, noszącym imię Papieża-Polaka. Wcześnie od iłownickiego powstały kościoły pod wezwaniem bł. Jana Pawła II w Nowym Targu, Długopolu (Podhale), Krakowie-Łagiewnikach, Ciechanowie (diecezja płocka), Śniatowie (diecezja szczecińsko-kamieńska) oraz Rzeczpolu (diecezji przemyska).