Pierwsi bracia w czarnych habitach zamieszkali przy niedawno powstałej parafii NMP Królowej Polski w Brzezince. Pomagali w duszpasterstwie i próbowali rozeznać możliwości utworzenia własnego klasztoru. Wybór padł na Harmęże. Franciszkanie wykupili podupadły dom i kawałek ziemi w sąsiedztwie starej kapliczki, z kopią obrazu Jasnogórskiej Pani, przyniesioną przez jednego z tutejszych pątników w XIX w.


Kapliczka miała też dramatyczne dni w swojej historii. W czasie II wojny światowej przetrzymywano tu więźniów obozu. Podobnie jak w miejscowej szkole i wielu innych budynkach. W wiosce funkcjonowały podobóz Auschwitz oraz gospodarstwo produkujące żywność na potrzeby esesmanów. Na okolicznych polach rozsypywano popioły zamordowanych w obozie... − Być może właśnie tutaj rozrzucono także prochy naszego brata, ojca Maksymiliana Kolbego − mówi obecny gwardian i proboszcz o. Piotr Cuber.


Posługę duszpasterską franciszkanie zaczęli od nabożeństw odprawianych w drewnianej kaplicy. Przystosowali zakupiony domek na potrzeby klasztoru. Ten zaś został oficjalnie erygowany 17 lutego 1990 r. − w rocznicę aresztowania ojca Maksymiliana.
Franciszkanie podjęli się budowy kościoła. Dzięki zaangażowaniu wiernych oraz pomocy innych klasztorów, głównie z Niemiec, bracia mają dziś do dyspozycji nie tylko kościół, ale także zaplecze rekolekcyjne i duszpasterskie. W podziemiach kościoła można oglądać dokumentującą dramat Auschwitz wystawę prac byłego więźnia Mariana Kołodzieja.
W tym roku franciszkanie w Harmężach świętować będą także ćwierćwiecze ustanowienia samodzielnej parafii.