Po pożegnaniu z siostrami wyjechała do domu zakonnego w Nieszawie, w zaborze rosyjskim. Tam siostry nie mogły nosić habitów, żyły w ukryciu,ale zgodnie z charyzmatem opiekowały się ubogimi i pomagały dziewczętom, ucząc je w pracowni krawiectwa i haftu.

Tam matka Małgorzata zamieszkała w wynajętym domku niedaleko kościoła. Czas spędzała na modlitwie. Gdy nie mogła już wstawać z łóżka i iść do kościoła, adorowała Pana Jezusa wpatrując się w okno, z którego widać było zapaloną w kościele wieczną lampkę. Zawsze w Eucharystii, przed tabernakulum, szukała siły do przezwyciężania trudności.

Tak odeszła 5 czerwca 1905 roku: do ostatnich chwil wielbiąc Boga, posłusznie cierpiąc i kochając Go.

Dzień przejścia matki Małgorzaty do wieczności - 5 czerwca - we wszystkich domach zgromadzenia był co roku czasem szczególnie dedykowanym Założycielce, wypełnionym przez uroczyste spotkania, modlitwy, pielgrzymki do miejsc związanych z jej działalnością. Tego dnia siostry serafitki modliły się o beatyfikację i prosiły za jej wstawiennictwem o opiekę Bożej Opatrzności nad dziełami całej serafickiej rodziny zakonnej. W kościele MB Bolesnej u serafitek w Oświęcimiu na pamiątkę tego dnia i w tych samych intencjach co miesiąc piątego sprawowana jest Eucharystia. Siostry powierzają też w modlitwie intencje, które wierni składają przy grobie matki Małgorzaty.

Kontynuacją ostatniej modlitwy Założycielki jest wprowadzona w oświęcimskim kościele sióstr serafitek z okazji setnej rocznicy istnienia zgromadzenia w 1981 roku wieczysta adoracja Najświętszego Sakramentu. I choć tym razem 5. dzień czerwca przypadł zaledwie kilka dni przed beatyfikacją, w ferworze ostatnich przygotowań do uroczystości, siostry modliły się tak, jak matka Małgorzata.