Prace rozpoczęto w 2002 roku osuszeniem ścian. Później odnowiono fasadę kościoła, dach pokryto miedzią. Wyremontowano wieżę, chór i wnętrze świątyni. Renowacji poddano ołtarze, obrazy i figury. Dwa lata zajęło odnowienie ołtarza głównego, w którym przywrócono dawne, na nowo pozłocone tabernakulum. Pracami remontowymi objęto także budynki parafialne. Inicjatorem przedsięwzięcia był proboszcz ks. prał. Antoni Zuber, a prace kontynuowali jego następcy, księża: Antoni Dewor i Witold Grzomba. Pod kamienną płytą nowego ołtarza umieszczono znajdujące się wcześniej w ołtarzu głównym relikwie męczennika św. Innocentego. Barokową podstawę w odcieniach szarości i błękitu, ze złotymi zdobieniami, zdobi chrystogram „IHS”. Na zainstalowanej obok ambonce o identycznej stylistyce umieszczony został symbol Ducha Świętego: gołębica. − Ołtarz jest najważniejszym znakiem, bo na nim składa się ofiarę Chrystusa − przypominał bp Roman Pindel i prosił wiernych o modlitwę za stojących przy ołtarzu kapłanów, którzy przypominają o więzi Chrystusa z ołtarzem i Kościołem. Początki skoczowskiej parafii sięgają XV wieku. Obecny kościół – trzeci w jej historii – wzniesiono w połowie XVIII stulecia, po tragicznym pożarze miasta.