Niespełna sto lat temu granica podzieliła Marklowice między Polskę i Czechy. Kościół pozostał po czeskiej stronie, szkoła po polskiej, a wierni z polskiej części miejscowości dołączyli do parafii w Zebrzydowicach. Pod koniec lat 80. ubiegłego wieku zbudowali jednak nowy kościół i powstała parafia. 
Kiedy bp Damian Zimoń poświęcał kościół w listopadzie 1988 r., trwały obchody tysiąclecia chrztu Rusi Kijowskiej. Wtedy pojawiła się myśl, by patronem nowej wspólnoty został św. Jozafat Kuncewicz, męczennik z Rusi . I tak się stało, gdy w 1989 r. erygowana została parafia w Marklowicach Górnych. Należą do niej wierni z Marklowic i Zebrzydowic. Relikwie patrona dla swej rodzinnej parafii ofiarował ks. kan. Kazimierz Janiurek. 
Jak zaznacza proboszcz ks. kan. Stanisław Wójcik, dziś kościół pod patronatem męczennika z odległej Rusi łączy wiernych, a sam patron zadomowił się tu już na dobre.